Le CONEFO était conçu comme un « Nasakom international », une internationalisation de la politique de front uni de Sukarno en Indonésie, visant à équilibrer les forces nationalistes, religieuses et communistes. Surachman, secrétaire général du PNI de Sukarno , a formulé les objectifs ultimes du CONEFO : « Concernant la proposition du CONEFO de Bung Karno, son succès signifiera l’effondrement des Nations Unies et la formation d’une nouvelle Organisation des Nations Unies débarrassée de l’impérialisme et de ses marionnettes. » Le dirigeant du PKI, DN Aidit, a promu le CONEFO en Roumanie et en Union soviétique.
La CONEFO a été officiellement créée le 7 janvier 1965, suite à l'opposition du gouvernement de Sukarno à l'admission de la Malaisie comme membre non permanent du Conseil de sécurité de l'ONU , dans un contexte de tensions latentes entre l' Indonésie et la Malaisie . Sukarno a retiré l'Indonésie de l'ONU (le seul pays à l'avoir fait) et a créé une organisation mondiale concurrente, après avoir pris des mesures similaires en créant les Jeux des nouvelles forces émergentes (GANEFO) en 1963, en alternative aux Jeux olympiques . L'Indonésie a construit un nouveau complexe à Jakarta pour accueillir la CONEFO, avec l'aide financière de la République populaire de Chine .
Les puissances occidentales s'inquiétaient de la menace que représentait le CONEFO. Les diplomates américains craignaient qu'« une ONU parallèle ne soit l'objectif ultime de Sukarno » et déclaraient : « Aussi extravagant et fantastique que puisse paraître ce projet du point de vue occidental, il reflète le sérieux implacable et la détermination sans faille de Sukarno… dans sa guerre personnelle contre l'impérialisme. » Robert J. Martens, ancien diplomate américain à Jakarta, résuma le CONEFO des décennies plus tard : « Pour la première fois, une grande conférence internationale des Nouvelles Forces Émergentes allait se tenir, et des infrastructures devaient être construites à Jakarta à cet effet… une sorte d'ONU rivale allait être créée, fondée sur les communistes d'Asie de l'Est et leurs alliés. D'autres groupes devaient y participer – une sorte de version internationale de la tactique du front national. À un niveau inférieur au noyau communiste, on pouvait y trouver toutes les nations du Tiers-Monde… » Les craintes liées au CONEFO demeurent un facteur souvent négligé expliquant le soutien américain au changement de régime en Indonésie.
Le CONEFO ne s'est jamais réuni avant sa dissolution le 11 août 1966 par le général Suharto après avoir destitué Sukarno. L'Indonésie a réintégré les Nations Unies et le complexe du CONEFO, désormais appelé bâtiment MPR/DPR/DPD , est devenu le siège de l' Assemblée consultative du peuple .