Base de vol

FlyBase est une base de données bioinformatique en ligne et le principal référentiel de données génétiques et moléculaires pour la famille des insectes Drosophilidae . l'organisme modèle les plus étudiés , Drosophila melanogaster , une large gamme de données est présentée dans différents formats.

Les informations contenues dans FlyBase proviennent de diverses sources, allant des projets de génome à grande échelle à la littérature de recherche primaire. Ces types de données comprennent les phénotypes mutants , la caractérisation moléculaire des allèles mutants et d'autres déviations, les cartes cytologiques, les modèles d'expression de type sauvage , les images anatomiques, les constructions et insertions transgéniques, les modèles de gènes au niveau de la séquence et la classification moléculaire des fonctions des produits géniques. Les outils de requête permettent de naviguer dans FlyBase à travers la séquence d'ADN ou de protéines, par nom de gène ou de mutant, ou à travers les termes des différentes ontologies utilisées pour capturer des données fonctionnelles, phénotypiques et anatomiques. La base de données propose plusieurs outils de requête différents afin de fournir un accès efficace aux données disponibles et de faciliter la découverte de relations significatives au sein de la base de données. Les liens entre FlyBase et des bases de données externes, telles que BDGP ou modENCODE, offrent des possibilités d'exploration plus approfondie dans d'autres bases de données d'organismes modèles et d'autres ressources d'informations biologiques et moléculaires. Le projet FlyBase est mené par un consortium de chercheurs sur les drosophiles et d'informaticiens de l'Université de Harvard et de l'Université de l'Indiana aux États-Unis, et de l'Université de Cambridge au Royaume-Uni.

FlyBase est l'une des organisations contribuant à la base de données des organismes modèles génériques (GMOD).

En 2022, la page d'accueil de FlyBase demandait des frais d'accès au site Web de 150,00 USD par personne et par an, indiquant que « le NHGRI a réduit le financement de FlyBase de 50 % ».

Drosophila melanogaster est un organisme expérimental depuis le début des années 1900 et a depuis été placé au premier plan de nombreux domaines de recherche. À mesure que ce domaine de recherche s'est étendu et est devenu mondial, les chercheurs travaillant sur les mêmes problèmes ont eu besoin d'un moyen de communiquer et de suivre les progrès dans le domaine. Ce créneau a été initialement occupé par des bulletins d'information communautaires tels que le Drosophila Information Service (DIS), qui remonte à 1934, lorsque le domaine commençait à se répandre à partir du laboratoire de Thomas Hunt Morgan . Le contenu de ces pages présentait des « catalogues » réguliers de mutations et des bibliographies de la littérature sur Drosophila. À mesure que l'infrastructure informatique s'est développée dans les années 80 et 90, ces bulletins d'information ont cédé la place et ont fusionné avec les listes de diffusion Internet, et ceux-ci sont finalement devenus des ressources et des données en ligne. En 1992, des données sur la génétique et la génomique de D. melanogaster et des espèces apparentées étaient disponibles électroniquement sur Internet grâce aux groupes informatiques FlyBase, BDGP (Berkeley Drosophila Genome Project) et EDGP (European Drosophila Genome Project), financés par ces derniers. Ces groupes ont reconnu que la plupart des types de données des projets et des communautés de génomes se chevauchaient. Ils ont décidé qu'il serait utile de présenter à la communauté scientifique une vue intégrée des données. En octobre 1992, le National Center for Human Genome Research du NIH a financé le projet FlyBase dans le but de concevoir, de construire et de diffuser une base de données d'informations génétiques et moléculaires concernant Drosophila melanogaster . FlyBase reçoit également le soutien du Medical Research Council de Londres. En 1998, le consortium FlyBase a intégré les informations dans un seul serveur génomique de Drosophila. En 2022, le projet FlyBase a été mené par un consortium de chercheurs sur les drosophiles et d'informaticiens de l'Université de Harvard , de l'Université de Cambridge (Royaume-Uni), de l'Université de l'Indiana et de l' Université du Nouveau-Mexique .

FlyBase contient une annotation complète du génome de Drosophila melanogaster qui est mise à jour plusieurs fois par an. Il comprend également une bibliographie consultable des recherches sur la génétique de Drosophila au cours du siècle dernier. Des informations sur les chercheurs actuels et un pedigree partiel des relations entre les chercheurs actuels sont consultables, sur la base de l'inscription du scientifique participant. Le site fournit également une grande base de données d'images illustrant le génome complet et plusieurs films détaillant l'embryogenèse (ImageBrowser Archived 2007-03-24 at the Wayback Machine ). Les deux principaux affluents de la base de données sont les grands ensembles de données multi-espèces déposés par le Drosophila 12 Genomes Consortium (Clark et al 2007) et Crosby et al 2007.

Stratégies de recherche : les rapports génétiques des douze génomes de drosophiles séquencés sont disponibles dans FlyBase. Ces données peuvent être consultées de quatre manières principales : les fichiers précalculés BLAST, Gbrowse, et les pages de rapport génétique. Gbrowse et les fichiers précalculés sont destinés à l'analyse du génome entier, à la bioinformatique et à la génomique comparative. Les pages BLAST et de rapport génétique concernent un gène, une protéine ou une région spécifique de l'espèce.

Lors de la recherche de cytologie, deux principaux outils sont disponibles. Utilisez Cytosearch lorsque vous recherchez des gènes ou des déficiences cartographiés cytologiquement, qui n'ont pas été cartographiés moléculairement sur la séquence. Utilisez Gbrowse lorsque vous recherchez des séquences, des insertions ou des sondes Affymetrix cartographiées moléculairement.

FlyBase propose deux principaux outils de recherche. Le premier s'appelle Jump to Gene (J2G). Il se trouve en haut à droite de la barre de navigation bleue sur chaque page de FlyBase. Cet outil est utile lorsque vous savez exactement ce que vous recherchez et que vous souhaitez accéder à la page du rapport contenant ces données. Le deuxième outil de recherche principal s'appelle QuickSearch. Il se trouve sur la page d'accueil de FlyBase. Cet outil est particulièrement utile lorsque vous souhaitez rechercher rapidement quelque chose dont vous ne connaissez peut-être que peu de choses. La recherche peut être effectuée uniquement dans D. melanogaster ou dans toutes les espèces. Les données autres que les gènes peuvent être recherchées à l'aide du menu « Classe de données ».

Voici deux exemples de recherches liées à FlyBase ou utilisant FlyBase :

• La première est une étude des gènes exprimés par Toxoptera citricida ailé (qui signifie « avoir des ailes ») , plus connu sous le nom de puceron brun des agrumes. Le puceron brun des agrumes est considéré comme le principal vecteur du virus de la tristeza des agrumes , un pathogène grave qui cause des pertes aux industries des agrumes dans le monde entier. La forme ailée de ce puceron peut voler sur de longues distances avec le vent, ce qui lui permet de propager le virus de la tristeza des agrumes dans les régions productrices d'agrumes. Pour mieux comprendre la biologie du puceron brun des agrumes et l'émergence des gènes exprimés pendant le développement des ailes, les chercheurs ont entrepris un projet de séquençage de l'extrémité 5' à grande échelle de clones d'ADNc de pucerons ailés. Des projets similaires de séquençage de séquences exprimées à grande échelle (EST) d'autres insectes ont fourni un véhicule pour répondre à des questions biologiques relatives au développement et à la physiologie. Bien qu'il existe une base de données croissante dans GenBank d'EST provenant d'insectes, la plupart proviennent de Drosophila melanogaster, avec relativement peu d'entre eux spécifiquement dérivés de pucerons. Les chercheurs ont pu fournir un large ensemble de données d'EST provenant du puceron brun ailé des agrumes et ont commencé à analyser cette ressource précieuse. Ils ont pu le faire à l'aide des informations sur Drosophila melanogaster dans FlyBase. L'identité de séquence putative a été déterminée à l'aide de recherches BLAST. Les correspondances de séquence avec des scores de valeur E ≤ −10 ont été considérées comme significatives et ont été classées selon le système de classification Gene Ontology (GO) basé sur l'annotation des 5 correspondances « meilleures correspondances » dans les recherches BLASTX. Toutes les correspondances D. melanogaster ont été cataloguées à l'aide de FlyBase. Presque toutes ces correspondances « meilleures correspondances » ont été caractérisées par rapport aux gènes annotés fonctionnellement dans D. melanogaster à l'aide de FlyBase. Les informations génétiques sont cruciales pour faire progresser la compréhension de la biologie des pucerons et joueront un rôle majeur dans le développement de futures stratégies de lutte non chimiques basées sur les gènes contre ces insectes nuisibles.
• Amélioration de l'annotation des ontologies génétiques de la drosophile : ce que font les produits génétiques et où ils le font sont des questions importantes pour les biologistes. Le projet Gene Ontology a été créé il y a 13 ans afin de résumer ces données de manière cohérente dans différentes bases de données en utilisant un ensemble commun de termes de vocabulaire définis. Ils codent également les relations entre les termes. Le projet Gene Ontology est une initiative bioinformatique majeure dont le but est de normaliser la représentation des attributs des gènes et des produits génétiques dans les espèces et les bases de données. Le projet fournit également des données d'annotation des produits génétiques des membres du consortium GO. FlyBase était l'un des trois membres fondateurs du Gene Ontology Consortium. L'annotation GO comprend au moins trois composants : un terme GO qui décrit la fonction moléculaire, le rôle biologique ou l'emplacement sous-cellulaire ; un « code de preuve » qui décrit le type d'analyse utilisé pour étayer le terme GO ; et une attribution à une référence spécifique. L'annotation GO est utile pour les analyses à petite et à grande échelle. Il peut fournir une première indication de la nature d'un produit génique et, en conjonction avec les codes de preuve, pointer directement vers des articles contenant des données expérimentales pertinentes. Les priorités actuelles en matière d'annotation sont les suivantes : homologues de gènes de maladies humaines, gènes hautement conservés entre les espèces, gènes impliqués dans les voies biochimiques/de signalisation et gènes d'actualité qui se sont révélés d'un intérêt significatif dans des publications récentes. FlyBase contribue aux annotations GO du projet depuis son lancement en août 2006. Les annotations GO apparaissent sur la page Gene Report dans FlyBase. Les données GO sont consultables dans FlyBase à l'aide de TermLink et de QueryBuilder. Le GO est dynamique et peut changer quotidiennement, par exemple l'ajout de nouveaux termes. Pour suivre le rythme, FlyBase charge une nouvelle version du GO toutes les une ou deux versions de FlyBase. L'ensemble d'annotations GO est soumis au GOC en même temps qu'une nouvelle version de FlyBase est publiée.