Base de données sur les organismes modèles génériques

Le projet Generic Model Organism Database ( GMOD ) fournit aux communautés de recherche biologique une boîte à outils de composants logiciels open source pour visualiser, annoter, gérer et stocker des données biologiques. Le projet GMOD est financé par les National Institutes of Health des États-Unis , la National Science Foundation et le USDA Agricultural Research Service .

Le projet GMOD a été lancé au début des années 2000 en tant que collaboration entre plusieurs bases de données d'organismes modèles (MOD) qui partageaient le besoin de créer des outils logiciels similaires pour le traitement des données issues de projets de séquençage. Les MOD, ou bases de données spécifiques aux organismes , décrivent le génome et d'autres informations sur les organismes expérimentaux importants dans les sciences de la vie et capturent les grands volumes de données et d'informations générés par la biologie moderne . Plutôt que chaque groupe conçoive son propre logiciel, quatre MOD majeurs - FlyBase , Saccharomyces Genome Database , Mouse Genome Database et at ou fonctionnent à partir d'une base de données de schéma Chado.

Le schéma Chado vise à couvrir de nombreuses classes de données fréquemment utilisées par les biologistes modernes, des données génétiques aux arbres phylogénétiques, des publications aux organismes, des données de microarray aux identifiants et à l'expression d'ARN/protéines. Chado utilise largement des vocabulaires contrôlés pour typer toutes les entités de la base de données ; par exemple : les gènes, les transcriptions, les exons, les éléments transposables, etc. sont stockés dans une table de caractéristiques, avec le type fourni par Sequence Ontology . Lorsqu'un nouveau type est ajouté à Sequence Ontology, la table de caractéristiques ne nécessite aucune modification, seulement une mise à jour des données dans la base de données. Il en va de même pour les données d'analyse qui peuvent également être stockées dans Chado.

Les modules de base existants de Chado sont :

• séquence - pour les séquences/fonctionnalités
• cv - pour les vocabulaires contrôlés/ontologies
• général - actuellement uniquement dbxrefs
• organisme - données taxonomiques
• pub - publication et références
• companalysis - augmente le module de séquence avec des données d'analyse computationnelle
• carte - cartes non séquentielles
• génétique - données génétiques et phénotypiques
• expression - expression génétique
• diversité naturelle - données démographiques

La liste complète des composants logiciels GMOD se trouve sur la page Composants GMOD. Ces composants incluent :

Les bases de données d'organismes suivantes contribuent et/ou adoptent des composants GMOD pour les bases de données d'organismes modèles.

• Bioperl , BioJava , Biopython , BioRuby , etc.
• Ensemble
• Ontologie des gènes
• DAS
• Schéma unifié de la génomique
• Manatee : outil d'annotation manuelle
• Biocurator.org
• Ontologies biomédicales ouvertes
• Projet d'ontologie de séquence