Boucle oméga

La boucle oméga motif structural protéique non régulier , constitué d'une boucle de six résidus d'acides aminés ou plus et de n'importe quelle séquence d'acides aminés . La caractéristique déterminante est que les résidus qui composent le début et la fin de la boucle sont proches les uns des autres dans l'espace sans longueurs intermédiaires de motifs structuraux secondaires réguliers. Son nom vient de sa forme, qui ressemble à la lettre grecque majuscule Omega (Ω) .

Les boucles oméga, qui sont des unités structurelles secondaires non régulières et non répétitives, ont une variété de formes tridimensionnelles. Les formes des boucles oméga sont analysées pour identifier les modèles récurrents dans les angles dièdres et la forme globale de la boucle afin d'aider à identifier les rôles potentiels dans le repliement et la fonction des protéines.

Étant donné que les boucles se trouvent presque toujours à la surface des protéines, on suppose souvent que ces structures sont flexibles ; cependant, différentes boucles oméga présentent des plages de flexibilité sur différentes échelles de temps de mouvement des protéines et ont été identifiées comme jouant un rôle dans le repliement de certaines protéines, notamment la transcriptase inverse du VIH-1 ; le cytochrome c ; et les nucléases .

Les boucles oméga peuvent contribuer à la fonction des protéines . Par exemple, les boucles oméga peuvent aider à stabiliser les interactions entre la protéine et le ligand , comme dans l' enzyme triose phosphate isomérase , et peuvent affecter directement la fonction des protéines dans d'autres enzymes. [ Un trouble de la coagulation héréditaire est causé par une mutation à site unique dans une boucle oméga de la protéine C.

De même, les boucles oméga jouent un rôle intéressant dans la fonction des bêta-lactamases : des mutations dans la « région de la boucle oméga » d'une bêta-lactamase peuvent modifier sa fonction spécifique et son profil de substrat, peut-être en raison d'un rôle fonctionnel important de la dynamique corrélée de la région.

Les boucles oméga sont depuis longtemps reconnues pour leur importance dans la fonction et le repliement de la protéine cytochrome c , contribuant à la fois à des résidus fonctionnels clés et à des propriétés dynamiques importantes. De nombreux chercheurs ont étudié la fonction et la dynamique des boucles oméga dans des systèmes protéiques spécifiques en utilisant une approche dite de « permutation de boucles », dans laquelle les boucles sont permutées entre des protéines (généralement) homologues .