Worldlex Wiki La Sequence Read Archive ( SRA , anciennement connue sous le nom de Short Read Archive ) est une base de données bioinformatiques qui fournit un dépôt public de données de séquençage d'ADN , en particulier les « courtes lectures » générées par le séquençage à haut débit , qui mesurent généralement moins de 1 000 paires de bases . Cette archive fait partie de l' International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) et est gérée conjointement par le NCBI, l' Institut européen de bioinformatique (EBI) et la Banque de données d'ADN du Japon (DDBJ).
L’archive a été créée par le National Center for Biotechnology Information (NCBI) en 2007 afin de constituer un dépôt de données issues d’ études RNA-Seq et ChIP-Seq, ainsi que d’études à grande échelle telles que le Human Microbiome Project et le projet 1000 Genomes . Initialement appelée Short Read Archive, son nom a été modifié en prévision des futures technologies de séquençage capables de produire des séquences plus longues.
Le volume de données déposées dans la Sequence Read Archive (SRA) a connu une croissance rapide. En septembre 2010, 65 % de la SRA était constituée de séquences génomiques humaines , et 16 % de séquences métagénomiques humaines. Une grande partie de ces données a été déposée dans le cadre du projet 1000 Genomes. En juin 2011, le volume de données contenues dans la SRA a dépassé les 100 térabases d'ADN.
Le format de données privilégié pour les fichiers soumis au SRA est le format BAM , capable de stocker les lectures alignées et non alignées. En interne, le SRA utilise le kit d'outils NCBI SRA, employé dans les trois bases de données membres de l'INSDC, pour assurer une compression de données flexible , un accès API et la conversion vers d'autres formats tels que FASTQ .
En février 2011, le NCBI a annoncé son intention de fermer le NCBI SRA en raison d'une réduction de son financement. Cependant, l'EBI et le DDBJ ont annoncé qu'ils continueraient à soutenir le SRA. En octobre 2011, le NCBI a annoncé le maintien du financement du SRA.
Le dépôt des données dans le SRA est exigé par la plupart des organismes de financement et des revues en libre accès . Les revues du groupe Nature Publishing exigent que les données de séquençage d'ADN et d'ARN soient mises à disposition via le SRA.