Chaîne latérale

En chimie organique et en biochimie , une chaîne latérale est un groupe chimique attaché à une partie centrale de la molécule appelée « chaîne principale » ou squelette . La chaîne latérale est un élément de ramification hydrocarboné d'une molécule qui est attaché à un squelette hydrocarboné plus grand. C'est l'un des facteurs qui déterminent les propriétés et la réactivité d'une molécule. Une chaîne latérale est également connue sous le nom de chaîne pendante , mais un groupe pendant (groupe latéral) a une définition différente.

L'espace réservé R est souvent utilisé comme espace réservé générique pour les chaînes latérales des groupes alkyles (hydrocarbures saturés) dans les diagrammes de structure chimique . Pour indiquer d'autres groupes non carbonés dans les diagrammes de structure, X , Y ou Z sont souvent utilisés.

Le symbole R a été introduit par le chimiste français du XIXe siècle Charles Frédéric Gerhardt , qui a préconisé son adoption au motif qu'il serait largement reconnaissable et intelligible étant donné sa correspondance dans plusieurs langues européennes avec la lettre initiale de « racine » ou « résidu » : le français racine (« racine ») et résidu (« résidu »), les traductions anglaises respectives de ces termes ainsi que radical (lui-même dérivé du latin radix ci-dessous), le latin radix (« racine ») et residuum (« résidu »), et l'allemand Rest (« reste » et, dans le contexte de la chimie, à la fois « résidu » et « radical »).

En science des polymères , la chaîne latérale d'une ramification oligomérique ou polymère s'étend à partir de la chaîne principale d'un polymère. Les chaînes latérales ont une influence notable sur les propriétés d'un polymère, principalement sa cristallinité et sa densité . Une branche oligomérique peut être qualifiée de branche à chaîne courte et une branche polymère de branche à chaîne longue. Les groupes latéraux sont différents des chaînes latérales ; ils ne sont ni oligomériques ni polymères.

Dans les protéines , qui sont composées de résidus d'acides aminés , les chaînes latérales sont attachées aux atomes de carbone alpha du squelette amide . La chaîne latérale connectée au carbone alpha est spécifique à chaque acide aminé et est responsable de la détermination de la charge et de la polarité de l'acide aminé. Les chaînes latérales des acides aminés sont également responsables de nombreuses interactions qui conduisent au repliement et au fonctionnement corrects des protéines. Les acides aminés ayant une polarité similaire sont généralement attirés les uns vers les autres, tandis que les chaînes latérales non polaires et polaires se repoussent généralement. Les interactions non polaires/polaires peuvent toujours jouer un rôle important dans la stabilisation de la structure secondaire en raison de leur quantité relativement importante dans toute la protéine. Les positions spatiales des atomes de la chaîne latérale peuvent être prédites sur la base de la géométrie du squelette protéique à l'aide d'outils informatiques pour la reconstruction de la chaîne latérale.