Chimère de l'UCSF

UCSF Chimera (ou simplement Chimera ) est un programme extensible pour la visualisation et l'analyse interactives des structures moléculaires et des données associées, y compris les cartes de densité, les assemblages supramoléculaires , les alignements de séquences, les résultats d'amarrage, les trajectoires et les ensembles conformationnels . Des images et des films de haute qualité peuvent être créés. Chimera comprend une documentation complète et peut être téléchargé gratuitement pour une utilisation non commerciale.

Chimera est développé par la Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI) ​​de l' Université de Californie à San Francisco . Le développement est partiellement financé par les National Institutes of Health (subvention NIGMS P41-GM103311). Le programme de nouvelle génération est UCSF ChimeraX.

• identification automatique de l'atome
• ajout d'hydrogène et attribution de charge partielle
• Détection de liaison hydrogène , de contact et de collision de haute qualité
• mesures : distances, angles, surface, volume
• calcul des centroïdes, axes, plans et mesures associées
• bibliothèques de rotamères d'acides aminés , diagramme de Ramachandran des protéines , carte de contact des protéines
• construction de structure et rotation des liaisons
• lecture de trajectoire de dynamique moléculaire (plusieurs formats), tracés de distance et d'angle
• morphing entre les conformations d'une protéine ou même de différentes protéines
• affichage des attributs (facteur B, hydrophobicité, etc.) avec couleurs, rayons, « vers »
• création facile d'attributs personnalisés avec de simples entrées de fichiers texte
• Outil ViewDock pour faciliter l'analyse interactive des résultats d'amarrage
• ensemble riche de commandes, syntaxe de spécification puissante
• de nombreux formats lus, PDB et Mol2 écrits
• Web et récupération à partir de Protein Data Bank , CATH ou SCOP (domaines), EDS (cartes de densité), EMDB (cartes de densité), ModBase (modèles comparatifs), CASTp (mesures de poches protéiques), Pub3D (structures de petites molécules), VIPERdb (capsides virales icosaédriques), UniProt (séquences protéiques avec annotations de caractéristiques), autres
• interfaces pour l'affectation de charge/rayon PDB2PQR , calculs électrostatiques APBS , amarrage à ligand unique AutoDock Vina

• images haute résolution
• effets visuels incluant des repères de profondeur, des ombres interactives, des contours de silhouette, des arrière-plans multicolores
• représentations moléculaires standards (bâtonnets, sphères, rubans, surfaces moléculaires)
• tuyaux et planches pour hélices et brins ; objets nucléotidiques, y compris sucettes et barreaux d'échelle
• ellipsoïdes pour montrer les facteurs B anisotropes
• objets géométriques non moléculaires
• rendus de cartes de densité et autres données de volume (voir ci-dessous)
• étiquetage avec texte, symboles, flèches, clés de couleur
• différentes structures peuvent être clipsées différemment et sous n'importe quel angle
• lancer de rayons optionnel avec POV-Ray fourni
• exportation de scène vers X3D et autres formats
• interface graphique simple pour créer des films de manière interactive
• les scènes peuvent être placées comme images clés le long d'une chronologie d'animation
• alternativement, le contenu du film et l'enregistrement peuvent être scénarisés ; riche ensemble de commandes associées
• L'enregistrement vidéo est intégré au morphing et à la lecture de trajectoire MD

• de nombreux formats de cartes de données de volume (densité électronique, potentiel électrostatique, autres) lus, plusieurs écrits
• réglage interactif du seuil, isosurfaces multiples (mailles ou solides), rendus transparents
• ajustement des coordonnées atomiques aux cartes et des cartes aux cartes
• des cartes de densité peuvent être créées à partir de coordonnées atomiques
• les marqueurs peuvent être placés sur des cartes et reliés à des chemins lisses
• affichage de plans de données individuels ou de plusieurs plans orthogonaux
• lecture et morphing de séries chronologiques de données de volume
• de nombreux outils pour segmenter et éditer des cartes
• Lissage gaussien, transformée de Fourier, autres filtrages et normalisation
• mesures : aire de surface, volume à surface fermée, symétrie de la carte, autres

• de nombreux formats d'alignement de séquence lus et écrits
• les alignements de séquences peuvent être créés, modifiés
• les séquences s'associent automatiquement aux structures
• Diaphonie séquence-structure : la mise en évidence dans l'une met en évidence l'autre
• Recherche de protéines BLAST via service Web
• alignement de séquences multiples via les services Web Clustal Omega et MUSCLE
• interfaces avec MODELLER pour la modélisation d'homologie et la construction de boucles
• superposition de structures avec ou sans alignement de séquences préexistant
• génération d'alignements de séquences basés sur la structure à partir de superpositions multiples
• plusieurs méthodes de calcul de conservation et d'affichage des valeurs sur les structures associées
• En-tête RMSD (histogramme au-dessus des séquences) montrant la variabilité spatiale des structures associées
• en-têtes définis par l'utilisateur, y compris des histogrammes et des symboles colorés
• Annotations de fonctionnalités UniProt et CDD affichées sous forme de cases colorées sur les séquences
• arbres au format Newick lus/affichés