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Rang taxonomique

Les principaux rangs : domaine, règne, phylum, classe, ordre, famille, genre et espèce, appliqués au renard roux , Vulpes vulpes . La hiérarchie des huit principaux rangs taxono...

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Les principaux rangs : domaine, règne, phylum, classe, ordre, famille, genre et espèce, appliqués au renard roux , Vulpes vulpes .
La hiérarchie des huit principaux rangs taxonomiques de la classification biologique . Les rangs mineurs intermédiaires ne sont pas affichés.

En biologie , le rang taxonomique (que certains auteurs préfèrent appeler rang nomenclatural car le classement fait partie de la nomenclature plutôt que de la taxonomie proprement dite, selon certaines définitions de ces termes) est le niveau relatif ou absolu d'un groupe d'organismes (un taxon ) dans une hiérarchie qui reflète les relations évolutives. Ainsi, les clades les plus inclusifs (tels qu'Eukarya et Opisthokonta ) ont les rangs les plus élevés, tandis que les moins inclusifs (tels qu'Homo sapiens ou Bufo bufo ) ont les rangs les plus bas. Les rangs peuvent être soit relatifs et être indiqués par une taxonomie en retrait dans laquelle le niveau d'indentation reflète le rang, soit absolus, dans lesquels divers termes, tels qu'espèce , genre , famille , ordre , classe , phylum , règne et domaine désignent le rang. Cette page met l'accent sur les rangs absolus et les codes basés sur les rangs (le Code zoologique , le Code botanique , le Code des plantes cultivées , le Code procaryote et le Code des virus) qui les exigent. Cependant, les rangs absolus ne sont pas requis dans tous les systèmes de nomenclature pour les taxonomistes ; par exemple, le PhyloCode , le code de la nomenclature phylogénétique , ne nécessite pas de rangs absolus.

Les taxons sont des groupes hiérarchiques d'organismes, et leurs rangs décrivent leur position dans cette hiérarchie. Les taxons de rang élevé (par exemple ceux considérés comme des domaines ou des règnes) incluent plus de sous-taxons que les taxons de rang inférieur (par exemple ceux considérés comme des genres, des espèces ou des sous-espèces). Le rang de ces taxons reflète l'hérédité de traits ou de caractéristiques moléculaires provenant d'ancêtres communs. Le nom de toute espèce et de tout genre est basique ; ce qui signifie que pour identifier un organisme particulier, il n'est généralement pas nécessaire de spécifier des noms à des rangs autres que ces deux premiers, au sein d'un ensemble de taxons couverts par un code basé sur le rang donné. Cependant, ce n'est pas vrai à l'échelle mondiale car la plupart des codes basés sur le rang sont indépendants les uns des autres, il existe donc de nombreux homonymes inter-codes (le même nom utilisé pour différents organismes, souvent pour un animal et pour un taxon couvert par le code botanique). Pour cette raison, des tentatives ont été faites pour créer un BioCode qui régulerait tous les noms de taxons, mais cette tentative a jusqu'à présent échoué en raison de traditions fermement ancrées dans chaque communauté.

Prenons une espèce particulière, le renard roux , Vulpes vulpes : dans le contexte du Code zoologique , l' épithète spécifique vulpes ( v minuscule ) identifie une espèce particulière du genre Vulpes ( V majuscule ) qui comprend tous les « vrais » renards. Leurs proches parents appartiennent tous à la famille des Canidés , qui comprend les chiens, les loups, les chacals et tous les renards ; le taxon majeur supérieur suivant, Carnivora (considéré comme un ordre), comprend les caniformes (ours, phoques, belettes, mouffettes, ratons laveurs et tous ceux mentionnés ci-dessus) et les féliformes (chats, civettes, hyènes, mangoustes). Les carnivores sont un groupe de membres poilus, à sang chaud et allaitants de la classe des Mammalia , qui sont classés parmi les animaux à notochordes dans l'embranchement des Chordata , et avec eux parmi tous les animaux du règne Animalia . Enfin, au rang le plus élevé, tous ces organismes sont regroupés avec tous les autres organismes possédant des noyaux cellulaires dans le domaine Eukarya .

Le Code international de nomenclature zoologique définit le rang comme : « Le niveau, à des fins de nomenclature, d'un taxon dans une hiérarchie taxonomique (par exemple, toutes les familles sont à des fins de nomenclature au même rang, qui se situe entre la superfamille et la sous-famille). » Notez que les discussions sur cette page supposent généralement que les taxons sont des clades ( groupes monophylétiques d'organismes), mais cela n'est requis ni par le Code international de nomenclature zoologique ni par le Code botanique , et certains experts en nomenclature biologique ne pensent pas que cela devrait être requis, et dans ce cas, la hiérarchie des taxons (donc, leurs rangs) ne reflète pas nécessairement la hiérarchie des clades .

Histoire

Alors que les anciennes approches de classification taxonomique étaient phénoménologiques, formant des groupes sur la base de similitudes d'apparence, de structure organique et de comportement, deux nouvelles méthodes importantes développées dans la seconde moitié du XXe siècle ont radicalement changé la pratique taxonomique. L'une est l'avènement de la cladistique , qui découle des travaux de l' entomologiste allemand Willi Hennig . La cladistique est une méthode de classification des formes de vie selon la proportion de caractéristiques qu'elles ont en commun (appelées synapomorphies ). On suppose que plus la proportion de caractéristiques que deux organismes partagent est élevée, plus ils proviennent tous deux récemment d'un ancêtre commun. La deuxième est la systématique moléculaire, basée sur l'analyse génétique , qui peut fournir de nombreuses données supplémentaires qui s'avèrent particulièrement utiles lorsque peu de caractères phénotypiques peuvent résoudre les relations, comme par exemple dans de nombreux virus , bactéries et archées , ou pour résoudre les relations entre des taxons qui sont apparus dans une radiation évolutive rapide qui s'est produite il y a longtemps, comme les principaux taxons des mammifères placentaires .

Principaux grades

Dans ses publications marquantes, comme le Systema Naturae , Carl Linné utilisait une échelle de classement limitée au règne, à la classe, à l'ordre, au genre, à l'espèce et à un rang en dessous de l'espèce. Aujourd'hui, la nomenclature est réglementée par les codes de nomenclature . Il existe sept principaux rangs taxinomiques : règne, embranchement ou division, classe, ordre, famille, genre et espèce. De plus, le domaine (proposé par Carl Woese ) est désormais largement utilisé comme rang fondamental, bien qu'il ne soit mentionné dans aucun des codes de nomenclature, et qu'il soit synonyme de dominion ( latin : dominium ), introduit par Moore en 1974.

Un taxon se voit généralement attribuer un rang lorsqu'on lui donne son nom officiel. Les rangs de base sont l'espèce et le genre. Lorsqu'un organisme reçoit un nom d'espèce, il est assigné à un genre, et le nom du genre fait partie du nom de l'espèce.

Le nom de l'espèce est également appelé binomial , c'est-à-dire un nom composé de deux termes. Par exemple, le nom zoologique de l'espèce humaine est Homo sapiens . Il est généralement mis en italique dans les textes imprimés ou souligné lorsque l'italique n'est pas disponible. Dans ce cas, Homo est le nom générique et il est écrit en majuscules ; sapiens indique l'espèce et il n'est pas écrit en majuscules. Bien que cela ne soit pas toujours le cas, certaines espèces incluent une épithète sous-spécifique. Par exemple, les humains modernes sont Homo sapiens sapiens ou H. sapiens sapiens .

Dans la nomenclature zoologique, les noms des taxons supérieurs ne sont normalement pas en italique, mais le Code botanique , le Code procaryote , le Code des virus, le projet de BioCode et le PhyloCode recommandent tous de mettre en italique tous les noms de taxons (de tous les rangs).

Rangs en zoologie

Il existe des règles s'appliquant aux rangs taxonomiques suivants dans le Code international de nomenclature zoologique : superfamille, famille, sous-famille, tribu, sous-tribu, genre, sous-genre, espèce, sous-espèce.

Le Code international de nomenclature zoologique divise les noms en « noms de groupe-famille », « noms de groupe-genre » et « noms de groupe-espèce ». Le Code mentionne explicitement les rangs suivants pour ces catégories :

Les règles du Code s'appliquent aux rangs de superfamille à sous-espèce, et seulement dans une certaine mesure à ceux qui sont au-dessus du rang de superfamille. Parmi les « noms de groupe-genre » et les « noms de groupe-espèce », aucun rang supplémentaire n'est officiellement autorisé, ce qui crée des problèmes lors de la dénomination des taxons de ces groupes dans des clades spécifiques, tels que Rana . Les zoologistes utilisent parfois des termes supplémentaires tels que groupe d'espèces , sous-groupe d'espèces , complexe d'espèces et superespèces pour des raisons pratiques, comme des rangs supplémentaires, mais non officiels, entre les niveaux de sous-genre et d'espèce dans les taxons comportant de nombreuses espèces, par exemple le genre Drosophila . (Notez l'utilisation potentiellement déroutante de « groupe d'espèces » à la fois comme catégorie de rangs et comme rang non officiel lui-même. Pour cette raison, Alain Dubois utilise les expressions alternatives « série nominale », « série-famille », « série-genre » et « série-espèce » (entre autres) au moins depuis 2000. )

Aux rangs supérieurs (famille et au-dessus), un niveau inférieur peut être indiqué en ajoutant le préfixe « infra », signifiant inférieur , au rang. Par exemple, ordre infra (en dessous du sous-ordre) ou famille infra (en dessous de la sous-famille).

Noms des taxons zoologiques

  • Un taxon au-dessus du rang d'espèce possède un nom scientifique en une partie (un nom uninominal).
  • Une espèce possède un nom généralement composé de deux parties (un nom binomial ou binôme ) : nom générique + nom spécifique ; par exemple Canis lupus . Parfois, le nom d'un sous-genre (entre parenthèses) peut être intercalé entre le nom de genre et l'épithète spécifique, ce qui donne un nom trinomial qui ne doit pas être confondu avec celui d'une sous-espèce. Un exemple est Lithobates (Aquarana) catesbeianus , qui désigne une espèce appartenant au genre Lithobates et au sous-genre Aquarana .
  • Une sous-espèce possède un nom composé de trois parties (un nom trinôme ou trinôme ) : nom générique + nom spécifique + nom sous-spécifique ; par exemple Canis lupus italicus . Comme il n'existe qu'un seul rang possible en dessous de celui d'espèce, aucun terme de liaison pour indiquer le rang n'est nécessaire ou utilisé.

Rangs en botanique

Les rangs botaniques classent les organismes en fonction (souvent) de leurs relations ( la monophylie n'est pas requise par ce clade, qui ne mentionne même pas ce mot, ni celui de « clade »). Ils commencent par le Royaume, puis passent à la Division (ou Embranchement), Classe, Ordre, Famille, Genre et Espèce. Les taxons de chaque rang possèdent généralement des caractéristiques et une histoire évolutive communes. La compréhension de ces rangs aide à la taxonomie et à l'étude de la biodiversité.

Il existe des définitions des catégories taxonomiques suivantes dans le Code international de nomenclature des plantes cultivées : groupe de cultivars , cultivar , grex .

Les règles de l'ICN s'appliquent principalement aux rangs de famille et inférieurs, et seulement dans une certaine mesure à ceux au-dessus du rang de famille.

Noms des taxons botaniques

Les taxons de rang genre et supérieur ont un nom botanique en une partie (nom unitaire) ; ceux de rang espèce et supérieur (mais inférieur au genre) ont un nom botanique en deux parties ( nom binaire ) ; tous les taxons en dessous du rang espèce ont un nom botanique en trois parties (un nom infraspécifique ). Pour indiquer le rang du nom infraspécifique, un « terme de connexion » est nécessaire. Ainsi Poa secunda subsp. juncifolia , où « subsp. » est une abréviation de « sous-espèce », est le nom d'une sous-espèce de Poa secunda .

Les hybrides peuvent être spécifiés soit par une « formule hybride » qui précise la parenté, soit par un nom. Pour les hybrides recevant un nom hybride , les mêmes rangs s'appliquent, préfixés par notho (grec : « bâtard »), nothogenus étant le rang le plus élevé autorisé.

Noms obsolètes pour les rangs botaniques

Si un terme différent pour le rang a été utilisé dans une ancienne publication, mais que l'intention est claire, la nomenclature botanique précise certaines substitutions :

  • Si les noms étaient « destinés à être des noms d'ordres, mais publiés avec leur rang indiqué par un terme tel que » : « cohors » [latin pour « cohorte » ; voir également l'étude de cohorte pour l'utilisation du terme en écologie], « nixus », « alliance » ou « Reihe » au lieu de « ordre » (article 17.2), ils sont traités comme des noms d'ordres.
  • Le terme « famille » remplace « ordre » (ordo) ou « ordre naturel » (ordo naturalis) dans certaines conditions où le sens moderne du terme « ordre » n’était pas prévu (article 18.2).
  • « Sous-famille est substitué à « sous-ordre » (subordo) dans certaines conditions où le sens moderne de « sous-ordre » n'était pas prévu. » (Article 19.2)
  • Dans une publication antérieure au 1er janvier 1890, si un seul rang infraspécifique est utilisé, il est considéré comme étant celui de la variété. (Article 37.4) Ceci s'applique généralement aux publications qui étiquetaient les taxons infraspécifiques avec des lettres grecques, α, β, γ, ...

Exemples

Voici la classification de cinq espèces : la mouche à fruits familière dans les laboratoires de génétique ( Drosophila melanogaster ), l'homme ( Homo sapiens ), le pois utilisé par Gregor Mendel dans sa découverte de la génétique ( Pisum sativum ), le champignon « amanite tue-mouches » Amanita muscaria et la bactérie Escherichia coli . Les huit rangs principaux sont indiqués en gras ; une sélection de rangs mineurs est également donnée.

Notes de tableau
  • Afin de conserver un tableau compact et d'éviter des controverses techniques, certains rangs intermédiaires courants et peu courants sont omis. Par exemple, les mammifères d'Europe, d'Afrique et de l'Amérique du Nord supérieure sont dans la classe Mammalia , la légion Cladotheria , la sous-légion Zatheria , l'infralégion Tribosphenida , la sous-classe Theria , le clade Eutheria , le clade Placentalia – mais seuls Mammalia et Theria sont dans le tableau. Des arguments légitimes pourraient surgir si les clades Eutheria et Placentalia, couramment utilisés, étaient tous deux inclus, sur le rang « infraclasse » et sur le rang de l'autre, ou sur le fait de savoir si les deux noms sont synonymes.
  • Les rangs des taxons supérieurs, en particulier les rangs intermédiaires, sont susceptibles d'être révisés à mesure que de nouvelles informations sur les relations sont découvertes. Par exemple, les plantes à fleurs ont été rétrogradées d'une division (Magnoliophyta) à une sous-classe (Magnoliidae), et le super-ordre est devenu le rang qui distingue les principaux groupes de plantes à fleurs. La classification traditionnelle des primates (classe Mammalia, sous-classe Theria, infra-classe Eutheria, ordre Primates) a été modifiée par de nouvelles classifications telles que McKenna et Bell (classe Mammalia, sous-classe Theriformes, infra-classe Holotheria) avec Theria et Eutheria assignés à des rangs inférieurs entre l'infra-classe et l'ordre Primates. Ces différences surviennent parce qu'il y a peu de rangs disponibles et de nombreux points de ramification dans les archives fossiles.
  • Au sein des espèces, d'autres unités peuvent être reconnues. Les animaux peuvent être classés en sous-espèces (par exemple, Homo sapiens sapiens , l'homme moderne) ou en morphes (par exemple, Corvus corax varius morpha leucophaeus , le corbeau pie). Les plantes peuvent être classées en sous-espèces (par exemple, Pisum sativum subsp. sativum , le petit pois) ou en variétés (par exemple, Pisum sativum var. macrocarpon , le pois mange-tout), les plantes cultivées recevant un nom de cultivar (par exemple, Pisum sativum var. macrocarpon 'Snowbird'). Les bactéries peuvent être classées par souches (par exemple, Escherichia coli O157:H7 , une souche qui peut provoquer une intoxication alimentaire ).

Les terminaisons de noms

Les taxons au-dessus du niveau du genre reçoivent souvent des noms basés sur le genre type , avec une terminaison standard. Les terminaisons utilisées pour former ces noms dépendent du règne (et parfois du phylum et de la classe) comme indiqué dans le tableau ci-dessous.

Les prononciations données sont les plus anglicisées . Des prononciations plus latines sont également courantes, en particulier / ɑː / plutôt que / eɪ / pour l'accentuation a .

Notes de tableau
  • En botanique et en mycologie, les noms de famille et en dessous sont basés sur le nom d'un genre, parfois appelé genre type de ce taxon, avec une terminaison standard. Par exemple, la famille des rosiers, Rosaceae , est nommée d'après le genre Rosa , avec la terminaison standard « -aceae » pour une famille. Les noms au-dessus du rang de famille sont également formés à partir d'un nom générique ou sont descriptifs (comme les Gymnospermes ou les Champignons ).
  • Pour les animaux, il existe des suffixes standards pour les taxons jusqu'au rang de superfamille seulement. Un suffixe uniforme a été suggéré (mais non recommandé) dans l'AAAS comme -ida / ɪ d ə / pour les ordres, par exemple ; les protozoologistes semblent adopter ce système. De nombreux ordres de métazoaires (animaux supérieurs) ont également un tel suffixe, par exemple Hyolithida et Nectaspida (Naraoiida).
  • Former un nom à partir d'un nom générique n'est pas toujours simple. Par exemple, le génitif du mot homo est hominis , donc le genre Homo (humain) appartient à la famille des Hominidae et non à celle des Homidae.
  • Les rangs d'épifamille, d'infrafamille et d'infratribe (chez les animaux) sont utilisés lorsque les complexités de la ramification phylétique nécessitent des distinctions plus fines que d'habitude. Bien qu'ils soient inférieurs au rang de superfamille, ils ne sont pas réglementés par le Code international de nomenclature zoologique et n'ont donc pas de terminaisons standard formelles. Les suffixes répertoriés ici sont réguliers, mais informels.
  • En virologie, les terminaisons formelles des taxons de viroïdes , d' acides nucléiques satellites et de viriformes sont similaires à celles des virus, sauf que -vir- est remplacé par -viroid- , -satellite- et -viriform- . Les niveaux supplémentaires de royaume et de sous-royaume se terminent respectivement par -viria et -vira .

Tous les grades

Il existe un nombre indéterminé de rangs, car un taxonomiste peut inventer un nouveau rang à volonté, à tout moment, s'il le juge nécessaire. Ce faisant, il existe certaines restrictions, qui varient selon le code de nomenclature qui s'applique.

Ce qui suit est une synthèse artificielle, uniquement à des fins de démonstration du rang absolu (mais voir les notes), du plus général au plus spécifique :

Importance et problèmes

Les rangs sont attribués sur la base de différences subjectives et ne reflètent pas pleinement la nature graduelle des variations dans la nature. Ces problèmes avaient déjà été identifiés par Willi Hennig , qui avait préconisé leur abandon en 1969, et cette position a été soutenue par Graham CD Griffiths seulement quelques années plus tard. En fait, ces rangs ont été proposés dans un contexte fixiste et l'avènement de l'évolution a sapé les fondements de ce système, comme on l'a reconnu depuis longtemps ; l'introduction du Code de nomenclature et de la liste de contrôle des oiseaux d'Amérique du Nord adoptés par l'American Ornithologists' Union, publié en 1886, stipule que « personne ne semble avoir soupçonné, en 1842 [lorsque le code Strickland a été rédigé], que le système linnéen n'était pas l'héritage permanent de la science, ou que dans quelques années une théorie de l'évolution allait saper ses fondements mêmes, en changeant radicalement les conceptions des hommes sur les choses auxquelles des noms devaient être attribués. » Ces rangs sont utilisés simplement parce qu'ils sont requis par les codes basés sur les rangs ; pour cette raison, certains systématiciens préfèrent les appeler rangs nomenclaturaux . Dans la plupart des cas, les groupements taxonomiques supérieurs apparaissent plus loin dans le temps, simplement parce que les taxons les plus inclusifs sont nécessairement apparus en premier. De plus, la diversité de certains taxons majeurs (tels que les vertébrés et les angiospermes ) est mieux connue que celle d'autres (tels que les champignons , les arthropodes et les nématodes ), non pas parce qu'ils sont plus diversifiés que d'autres taxons, mais parce qu'ils sont plus faciles à échantillonner et à étudier que d'autres taxons, ou parce qu'ils suscitent plus d'intérêt et de financement pour la recherche.

Parmi ces nombreux rangs, de nombreux systématiciens considèrent que le plus fondamental (ou le plus important) est l'espèce, mais cette opinion n'est pas universellement partagée. Ainsi, les espèces ne sont pas nécessairement définies plus nettement que les taxons de tout autre rang, et en fait, étant donné les écarts phénotypiques créés par l'extinction, dans la pratique, l'inverse est souvent le cas. Idéalement, un taxon est censé représenter un clade , c'est-à-dire la phylogénie des organismes en question, mais ce n'est pas une exigence des codes zoologiques et botaniques .

Une classification dans laquelle tous les taxons ont des rangs formels ne peut pas refléter de manière adéquate les connaissances sur la phylogénie. Étant donné que les noms des taxons dépendent des rangs dans la nomenclature basée sur les rangs (linnéenne), les taxons sans rang ne peuvent pas recevoir de noms. Des approches alternatives, telles que la nomenclature phylogénétique telle que mise en œuvre dans le cadre du PhyloCode et soutenue par la Société internationale de nomenclature phylogénétique [ ou l'utilisation de noms de circonscription , évitent ce problème. La difficulté théorique de la superposition de rangs taxonomiques sur des arbres évolutifs se manifeste par le paradoxe des limites qui peut être illustré par des modèles évolutionnistes darwiniens.

Il n'existe pas de règles concernant le nombre d'espèces qui devraient constituer un genre, une famille ou tout autre taxon supérieur (c'est-à-dire un taxon d'une catégorie supérieure au niveau de l'espèce). Il devrait s'agir d'un groupe naturel (c'est-à-dire non artificiel, non polyphylétique ), tel que jugé par un biologiste, en utilisant toutes les informations dont il dispose. Des taxons supérieurs de rang égal dans différents phylums ne sont pas nécessairement équivalents en termes de temps d'origine, de distinction phénotypique ou de nombre de taxons inclus de rang inférieur (par exemple, il est incorrect de supposer que les familles d'insectes sont d'une certaine manière comparables sur le plan de l'évolution aux familles de mollusques). De tous les critères qui ont été préconisés pour classer les taxons, l'âge d'origine a été le plus fréquemment préconisé. Willi Hennig l'a proposé en 1966, mais il a conclu en 1969 que ce système était impraticable et a suggéré d'abandonner les rangs absolus. Cependant, l'idée de classer les taxons en utilisant l'âge d'origine (soit comme seul critère, soit comme l'un des principaux) persiste sous le nom de time banding, et est toujours défendue par plusieurs auteurs. Pour les animaux, au moins le rang de phylum est généralement associé à un certain plan corporel , ce qui est également, cependant, un critère arbitraire.

Des taxons énigmatiques

Les taxons énigmatiques sont des groupes taxonomiques dont les relations plus larges sont inconnues ou indéfinies.

Mnémonique

Il existe plusieurs acronymes destinés à aider à mémoriser la hiérarchie taxonomique, comme « King Phillip came over for great spaghetti ».

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